La trame principale suit Shintarô Kisaragi, un adolescent reclus chez lui depuis deux ans maintenant. Devenu accro à Internet, il parle surtout à Ene, un programme informatique sous forme de jeune fille installé sur son ordinateur depuis qu'il a ouvert un mystérieux mail. Après une mauvaise plaisanterie d'Ene, Shintarô se retrouve dans l'obligation de sortir de chez lui, ce qui l'amènera à rencontrer les membres de la Mekakushi Dan.