Riki est un jeune orphelin qui a perdu ses parents lorsqu'il était encore enfant. Mais un groupe composé de trois garçons et d'une fille, les Little Busters va l'aider. Le chef de ce groupe est Kyõsuke Natsume qui a une petite soeur faisant également partie du groupe, Rin. Les autres membres sont Masato Inohara et Kengo Miyazawa. A force de jouer avec eux, Riki fut accepté et reconnu en tant que membre du Little Busters, jusqu'à en presque oublier la mort de ses parents. Désormais, les Little Busters sont en deuxième année de lycée, sauf le chef qui est en troisième année, et sont toujours ensembles profitant de leur vie scolaire...