Plusieurs générations après la mort de César, les primates vivent paisiblement, séparés en différents clans. Celui du jeune Noa cherche à préserver le lien puissant qu'il entretient avec la nature, notamment par l'entremise de l'élevage d'oiseaux de proie. Mais tout bascule lorsque son village est brûlé, et que ses semblables sont déplacés par un groupe ayant une tout autre vision en tête pour assurer leur avenir. Noa entreprend de retrouver la trace des ravisseurs afin de libérer ses proches. En chemin, il fait la connaissance d'un vieux sage, et de Nova, une humaine qui semble plus intelligente que la moyenne des membres de son espèce. Leur périple prend une tournure inattendue à mesure que Noa prend conscience des origines du monde qui l'entoure, et que Nova dévoile des capacités insoupçonnées.