La suite des aventures des animaux du Zoo de New York, Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe et Gloria l'hippopotame qui sont toujours échoués sur l'île de Madagascar, et s'apprêtent maintenant à la quitter. Ils se retrouveront ensuite dans la savane africaine où Alex sera enfin réuni avec sa famille mais découvrira par la suite des difficultés à communiquer avec eux après beaucoup de temps passé au Zoo de Central Park.