Anna, orpheline timide et solitaire de douze ans, vit à Sapporo avec ses parents adoptifs. Ses fréquentes crises d'asthme poussent ces derniers à l'envoyer quelque temps chez des membres de leur famille, près de la mer. Pour Anna, c'est le début d'un été de promenades et d'aventures, qui commence par sa découverte d'une grande et vieille demeure inhabitée, située à l'extérieur du village. C'est là, dans ce que les anciens appellent La Maison des Marais, que la citadine fait la connaissance de Marnie, une adolescente qui lui semble étrangement familière, et avec laquelle elle se lie rapidement d'amitié.