Le groupe de corsaires connu sous le nom de Blue Steel poursuit sa mission de livraison aux États-Unis des plans de la torpille à ogive vibrante, une arme qui pourrait faire basculer la guerre en leur faveur. Cependant, une nouvelle menace surgit de leur ennemi, la flotte écrasante du brouillard, sous la forme du "Student Council", un groupe de vaisseaux de guerre composé des derniers modèles mentaux, les avatars humanoïdes des vaisseaux, qui doivent encore affronter l'imprévisible capitaine du Blue Steel, Gunzou Chihaya.