Code Lyoko kertoo neljästä koululaisesta, jotka käyvät koulua sisäoppilaitoksessa. Yumi, Jeremy, Odd ja Ulrich löytävät vanhasta koulunsa vieressä olevasta tehtaasta suuren supertietokoneen. Pian he huomaavatkin, että supertietokoneen avulla he pääsevät Lyoko-nimiselle planeetalle - tästä alkaa suuri seikkailu!