Vuonna 2138 virtuaalitodellisuuspelit kukoistavat. Yggdrasil, suosittu online-peli, suljetaan yllättäen hiljaisesti. Yksi pelaaja nimeltä Momonga kuitenkin päättää jäädä sisään. Momonga muunnetaan sitten luurankokuvaksi, jota kutsutaan "kaiksen voimakkaimpana velho". Maailma jatkaa muuttumistaan, ja NPC (non-player characters) alkavat tuntea tunteita. Ilman vanhempia, ystäviä tai paikkaa yhteiskunnassa, tämä tavallinen nuori mies Momonga pyrkii ottamaan hallintaansa uuden maailman, joka on peli muuttunut.