Rubicon poliittinen jännityssarja, jonka tapahtumat sijoittuvat syyskuun 11. päivän iskujen jälkeiseen, paranoian täyteiseen aikaan. Perheensä syyskuun 11. päivän terrori-iskussa menettänyt huippuanalysoija Will Travers työskentelee New Yorkissa toimivassa liittovaltion salaisessa ajatushautomossa API:ssa. Will löytää suurten päivälehtien sanaristikoista outoja yhtäläisyyksiä, ja heti seuraavana päivänä eräs hänelle läheinen ihminen saa surmansa. Voiko tapahtunut olla sattumaa? Kun Will ylennetään, hän saa tilaisuuden alkaa selvittää, mistä oikein on kyse. Mies alkaa epäillä esimiestensä olevan osallisia korkean tason salaliittoon. Mikään ei ole sitä miltä näyttää, kaikki joutuu kyseenalaiseksi ja johtolangat vievät yhä uusiin pelottaviin suuntiin.