Dune: Prophecy sijoittuu arvostetun kirjailijan Frank Herbertin luomaan Dyynin universumiin, aikaan 10 000 vuotta ennen Paul Atreidesin syntymää. Sarja seuraa kahta Harkonnen-suvun sisarta, kun he taistelevat ihmiskunnan tulevaisuutta uhkaavia voimia vastaan. Dune: Prophecy on saanut inspiraationsa Brian Herbertin ja Kevin J. Andersonin romaanista Sisterhood of Dune.