Angel Beats sijoittuu kuolemanjälkeiseen elämään ja keskittyy Otonashiin, poikaan, joka menetti muistonsa elämästään kuoleman jälkeen. Hän on ilmoittautunut kuolemanjälkeiseen kouluun ja tapaa tytön nimeltä Juri, joka kutsuu hänet liittymään Afterlife Battlefrontiin - organisaatioon, jota hän johtaa ja joka taistelee Jumalaa vastaan. Battlefront taistelee oppilasneuvoston puheenjohtajaa Angelia vastaan, tyttöä, jolla on yliluonnollisia voimia.