Alkemian lakien laiminlyönti on katkaissut Edward Elricin puoliskon raajoista ja jättänyt veljen Alphonsen hengen kiinni haarniskuun. Palauttaakseen menetyksen, veljekset etsivät Filosofin kiviä. Viholliset ja liittolaiset – korruptoitunut armeija, Homunculit ja ulkomaiset alkemistit – muuttavat Elricin veljien reittiä, mutta heidän tarkoituksensa pysyy muuttumattomana ja sidoksensa on murtumaton.