Nuori perijätär Lara Croft lähtee etsimään Japanin rannikon saaristoihin kätkettyä kuningatar Himikon hautaa, jonka kerrotaan pitävän sisällään tuhoisia taikavoimia. Vuosia takaperin Laran isä, Richard Croft, lähti samalle matkalle, mutta katosi retkensä aikana. Jälkeen jätettyjen vihjeiden pohjalta Lara uskoo viimein löytävänsä haudan sekä paljastavansa isänsä kohtalon. Pian käy kuitenkin ilmi, että pyhättöä etsii myös militaristinen salajärjestö Trinity, joka haluaa käyttää sen salaisia voimia omiin tarkoitusperiinsä.