Yksinäisen aikamatkaajan, vuodesta 2035, on ratkaistava arvoitus, joka voi pelastaa hänen kansansa – tai tuhota sen. Tappajavirus on tuhonnut maailman väestön lähes kokonaan ja eloonjääneiden on asuttava pimeissä maanalaisissa yhteiskunnissa. Cole lähtee ‘vapaaehtoisena' menneisyyteen löytääkseen puhtaan virusnäytteen, jonka avulla tiedemiehet saattavat kehittää parannuskeinon. Matkallaan hän törmää kauniiseen psykiatriin ja hullunjärkevään mielisairaaseen. Cole taistelee aikaa vastaan etsiessään 12 apinan armeijaa, tappavaan tautiin liittyvää ääriryhmää…