Kun Bowserin aiempi suunnitelma häämenemään Prinsessa Peachille on torjuttu, Mario ja Luigi kohtaavat nyt uuden uhkan Bowser Jr:n, joka on päättäväinen vapauttamaan isänsä vangitsemisesta ja palauttamaan perheen perinnettä. Uusien ja vanhojen kumppaneiden kanssa veljekset matkustavat tähtien halki pysäyttääkseen nuoren perillisen kampanjan.