Scooby-Doo! paljastaa, kuinka elinikäiset ystävykset Scooby ja Shaggy tapasivat toisensa, ja kuinka he yhdistivät voimansa nuorten etsivien, Fredin, Velman ja Daphnen kanssa ja perustivat kuuluisan Mysteeri Oy:n. Takanaan satoja tapauksia ja monia hurjia seikkailuja, Scooby ja kumppanit kohtaavat suurimman ja vaativimman mysteerinsä ikinä: ovelan juonen vapauttaa aavekoira Cerberus maan päälle tekemään tuhoja. Heidän yrittäessään estää katastrofia tapahtumasta ryhmä huomaa, että Scoobylla on salainen perintö ja hänen kohtalonsa on ennalta määrätty tavalla, jota kukaan ei olisi voinut kuvitella.