Kaksi vuotta Neljännen Suuren Ninjasodan tapahtumien jälkeen Hagoromo Otsutsukin kauan sitten luoma kuu sulkemaan Gedo-patsaan alkaa laskeutua kohti maailmaa, uhaten muuttua meteoriksi, joka tuhoaisi kaiken osuessaan. Tämän kriisin keskellä Kaguya Otsutsukin suora jälkeläinen nimeltä Toneri Otsutsuki yrittää kidnappata Hinata Hyugan, mutta päätyy sieppaamaan tämän nuoremman sisaren Hanabin. Naruto ja hänen liittolaisensa aloittavat nyt pelastusoperaation ennen kuin joutuvat viimeiseen taisteluun, jossa ratkaistaan kaiken kohtalo.