Presidentti panee vireille "Ghost Protocolin" ja Kremlin terroripommituksesta syytetyn IMF-agentin Ethan Huntin osaston toiminta lopetetaan. Ilman taustatukea tai apuvälineitä Ethanin täytyy puhdistaa osastonsa nimi ja estää uusi terrori-isku. Ethan joutuu suoriutumaan tehtävästä yhdessä IMF:stä eronneiden agenttien kanssa tietämättä täysin ryhmän motiiveja.