Miehestään eronnut Helen Grace muuttaa lapsineen tätinsä kolkkoon kartanoon. Jo ensimmäisenä iltana alkaa tapahtua kummia ja Jared (Freddie Highmore) saa syyt niskoilleen. Koska muut eivät usko Jaredin syyttömyyttä, päättää hän ottaa selvää mitä talossa tapahtuu ja löytääkin salaisen huoneen. Huoneesta hän löytää piilotetun Arthur Spiderwickin luonto-oppaan, joka kätkee sisäänsä kokonaisen maailman. Maailma on kaikkea muuta kuin vaaraton ja äkkiä Jared kaksoisveljensä ja ärsyttävän isosiskonsa (Sarah Bolger) kanssa jo taisteleekin kummajaisia vastaan.