On kulunut vuosi siitä, kun Leonardo, Michelangelo, Donatello ja Raphael nujersivat Silppurin. Nyt jalkaklaani on uudelleen rakenteilla, ja kilpikonnien salainen päämaja on paljastunut. Kun he piileskelevät toimittajaystävänsä April O’Neilin luona, kaupungin kasveissa alkaa ilmetä eriskummallisia mutaatioita. Kun mutaation kohteeksi joutuvat Rahzar-susi ja Tokka-näykkijäkilpikonna, jengi saa kaksi uutta, aivan omassa sarjassaan painivaa vihollista.