Merirosvoryhmä, joka tunnetaan nimellä Blue Steel, jatkaa tehtäväänsä toimittaa Vibration Warhead Torpedon piirustukset, ase, joka saattaa kääntää sodan kulun heidän edukseen, Yhdysvalloille. Kuitenkin uusi uhka nousee heidän vihollisestaan, ylivoimaisesta Sumulaivastosta, joka on "Opiskelijaneuvosto", sota-alusten ryhmä, joka koostuu jäljellä olevista Mental Modeleista, alusten ihmismäisistä avatareista, jotka eivät ole vielä kohdanneet Blue Steelin arvaamatonta kapteenia, Gunzou Chihayaa. Kun Sininen Teräs lähestyy vihollisen hallitsevan auktoriteetin alkuperää, Ionan menneisyys paljastaa sodan alun ja syyn asettua ihmiskunnan puolelle.