Shiki Tohno sufrió una lesión mortal cuando era niño y, debido a ese incidente, fue expulsado de la casa de Tohno y entregado a un familiar para que lo criara. Años después, cuando está en la escuela secundaria, el jefe de la familia Tohno, su padre, muere y su hermana Akiha, la nueva cabeza de la familia, le ordena que se mude de nuevo. Sin embargo, Shiki guarda un gran secreto. Desde esa lesión, ha estado viendo líneas en objetos y solo con un par de lentes especiales puede dejar de verlos. Con la mudanza comienza a recordar su infancia, dándose cuenta que su vida era diferente de la que creía. Además, su vida cambia aún más cuando conoce Arcueid, una joven con la cual tiene un peculiar primer encuentro.