Kyon, un estudiante de secundaria escéptico, conoce a Haruhi Suzumiya, una chica obsesionada con lo sobrenatural. Inspirada por él, funda la Brigada SOS, un club dedicado a misterios paranormales. A regañadientes, Kyon se une junto a la reservada Yuki, la tímida Mikuru y el enigmático Itsuki. Juntos, vivirán insólitas aventuras bajo el mando de la impredecible Haruhi.