Mientras persigue a un asesino en serie, una agente del FBI desaparece y es dada por muerta, dejando solos a su marido, también agente, y a su hijo de 3 años. Pero 6 años después reaparece para sorpresa de todos. Sin recordar nada de lo sucedido desde su secuestro, tiene que adaptarse a una nueva realidad en la que su marido ha rehecho su vida con otra mujer y su hijo no la conoce. Además, una nueva serie de asesinatos hacen pensar a algunos de sus compañeros que ella podría ser la autora.
Emily vive los últimos días de su suspensión del FBI mientras intenta aceptar las consecuencias de sus acciones durante las dos temporadas anteriores. Emily desconfía de todo el mundo y ve amenazas por todas partes, por eso está más vigilante y al acecho que nunca.
Tras los terribles sucesos y a contrarreloj, Emily debe encontrar y salvar a Nick con la ayuda de Kai, su misterioso informador. Tras descubrir dónde está, Emily se da cuenta de que hay una conspiración mucho mayor y deberá enfrentarse a la posibilidad de que Nick haya sido asesinado.
Desorientado y drogado para no poder moverse, Nick despierta confinado en un lugar oscuro. Mientras, a pesar de no tener ninguna prueba de vida, Emily se niega a aceptar que Nick esté muerto y hace un trato para recuperarlo, pero entonces descubre que se trata de una trampa de Dawkins y de que todo el mundo corre peligro.
Ante la negativa del FBI a su petición de que busquen a Nick, Emily pone en marcha un arriesgado plan que la lleva a encontrarse cara a cara con el hombre que puede llevarla hasta Nick. Mientras, en algún lugar de Europa, Nick está siendo drogado y torturado psicológicamente, lo que saca a la luz la culpa e inseguridades que tiene como agente del FBI, marido y padre.
Emily cumple todas las peticiones de Dawkins para que la lleven hasta Nick y aprovecha para preparar una trampa. Mientras, la culpa y paranoia amenazan con superar a Nick, pero, finalmente, logra vencer a los demonios personales que lo atormentaban.
Nick sigue siendo torturado, pero encuentra una oportunidad para escapar de sus captores. Cal y Emily se unen para rescatar a Nick e intiman durante el camino. Pero cuando llegan a la misteriosa localización, a pesar de encontrar pruebas relacionadas con el caso de Nick en Boston, no encuentran ni rastro de Nick.
Emily hace un último intento de negociar los archivos robados por Nick y exige pruebas de que está vivo, sin saber que Nick ha escapado de sus secuestradores durante una emocionante persecución. Nick se pone en contacto con el FBI, y Emily toma la valiente decisión de hacer que Cal se enfrente a su pasado.
Emily y Nick idean un plan para infiltrarse en el campo de refugiados, y Cal se hace pasar por un vigilante de Meridian con la esperanza de encontrar a Armstrong y entregarlo a la justicia. Mientras tanto, Crown y Gunnarsen se acercan al topo de Meridian y un visitante inesperado llega a la granja.
Nick intenta liberar a los refugiados y Cal se enfrenta, por fin, a Armstrong. Gunnarsen y Crown se disponen a detener al director adjunto Webb, pero hacen un descubrimiento que podría ser letal. Mientras, Emily intenta llegar hasta el fondo de la operación de Elliot y no tiene miedo de hacer lo que haga falta para proteger a su familia.
Emily y Nick se reúnen por fin con Flynn en Boston, pero el arma biológica de Elliot todavía es una amenaza. Emily recurre a medidas drásticas y toma una decisión muy peligrosa para mantener segura a su familia.
