En esta nueva versión, Stitch está huyendo en la nave espacial de Jumba cuando se ve atrapado en una tormenta espacial y tiene que realizar un aterrizaje de emergencia en la isla de Izayoi, una isla ficticia en la prefectura de Okinawa, la parte más meridional del Japón. Allí Stitch conoce a Yüna, una chica de cuarto curso que sabe kárate y vive con su abuela. Yüna le cuenta a Stitch la historia de la Piedra de Chitama, un objeto misterioso que puede hacer realidad cualquier deseo. Sin embargo, Stitch tendrá que realizar 43 buenas acciones para recibir su deseo.