Trata de un ninja, Hanzo Hattori, que viene de Iga, a la ciudad donde vive Kenichi, un niño que no confiaba en sí mismo, Hattori elige a Kenichi para ser su amo. Junto a Shinzo, su hermano, y Shishimaru, su perro ninja, que hacen cosas maravillosas, técnicas, comportamientos, habilidades ninja, etc., con Kemuzo Kemumaki, ninja de Koga, que siempre lucha con Hattori y se mete con Kenichi, Shinzo y Shishimaru.