La historia comienza con la llegada, en el año 1999, de una nave alienígena, que luego de un violento ingreso atmosférico, cae sobre la isla de Ataria Sur, en el Océano Pacífico. Después de una investigación inicial y debido a lo descubierto en la nave, una coalición internacional de países, conocida como United Nations Goverment (UN), inicia un proyecto armamentístico en el que se incluye la restauración e investigación de la tecnología hallada en la nave bautizada previamente como ASS-1 (Alien Star Ship-1) y que posteriormente después de su restauración sería rebautizada como SDF-1 Macross. En 2009, durante la ceremonia de finalización del proyecto se produce la llegada de los Zentradi, raza alienígena de gigantes similares en su aspecto a los humanos pero con una sociedad basada totalmente en la guerra. La nave restaurada bautizada con el nombre de SDF-1 Macross se enciende sola y dispara contra las naves que se aproximan...