Ambientado en un futuro cercano distópico donde la cultura otaku en Japón ha sido aniquilada por una misteriosa organización conocida como "SSC", Magical Girl Destroyers sigue las desventuras de Otaku Hero, un joven revolucionario que ama la cultura otaku, y Anarchy, Blue, and Pink. un trío de chicas mágicas que lo admiran. Juntos luchan por crear "un mundo en el que puedas decir lo que te gusta sobre lo que te gusta tanto como te gusta".