Saintia Shō cuenta la historia de una muchacha llamada Shōko, quien de pequeña fue rescatada por un Santo de Oro de unos seres maligno cuando esta encontró una manzana dorada. En el presente, Shōko decide buscar a su hermana Kyōko a la que no ha visto durante cinco años. Shōko sabe que la fundación Graude fue la que se llevó a su hermana por lo que decide buscar a la actual jefa de dicha fundación, Saori Kido quien asiste a la misma escuela que ella.