La historia tiene lugar en el 2013, en la "Ciudad Perfecta NO. 6". Shion es un muchacho que a los dos años de edad recibió un permiso especial para vivir en la zona más lujosa de la ciudad llamada Cronos. Debido a su gran inteligencia. Cuando cumple 12 años conoce a Nezumi, un chico que se ha escapado de un reformatorio y al que intentará proteger sin éxito, ya que el Departamento de Seguridad Pública le descubrirá y le arrebatará todos sus privilegios enviándole a una zona marginal de la ciudad - Lost Town. Cuatro años después de su expulsión de Cronos, y siendo un simple limpiador de robots, descubre un cadáver que hará que Shion comience a descubrir el secreto que se esconde tras la ciudad.