La historia se centra en Nathan, un chico que consigue un extraño reloj con la habilidad de descubrir a unos misteriosos seres llamados Yo-kai, que nos rodean en nuestro día a día para fastidiarlo. Su objetivo será descubrir porqué los Yo-kai se comportan de este modo, y con un poco de suerte, convencerlos para que dejen de hacerlo.