Continuación de la miniserie online "Patema Inverted: Beginning of the Day". Aquella serie nos presentaba el mundo en el que ahora Yasuhiro ubica esta película, un mundo en el que el ser humano ha acabado reducido al subsuelo, ocupando pozos y túneles, repletos de tuberías, donde han de llevar unos trajes especiales a modo de protección y donde viven una existencia modesta pero mayormente feliz. La princesa de esa comunidad es Patema, una joven curiosa a la que le gusta explorar y que siente predilección por la Zona de Peligro, un área especialmente prohibida a pesar de que nadie le haya sabido explicar por qué, en la que acabará descubriendo un importante secreto que desatará una apasionante historia.