En un futuro los Kaijus lograrán conquistar la Tierra. La humanidad deberá dejar el que fuera su hogar durante mucho tiempo para mudarse a otro planeta que por desgracia no podrá albergarlos. Su única esperanza de sobrevivir es volver a la Tierra y vencer a Godzilla. Sin embargo, tras su regreso habrán pasado 20.000 años de dominio Kaiju, por lo que la humanidad deberá enfrentarse a lo peor.