Ξεκινώντας το 1991, το NCIS: Origins ακολουθεί τον νεαρό Gibbs καθώς ξεκινά την καριέρα του ως νέος Ειδικός Πράκτορας στο γραφείο του NIS στο Camp Pendleton. Εκεί, θα βρει τη θέση του σε μια σκληρή, αυτοσχέδια ομάδα υπό την ηγεσία του θρυλικού Mike Franks.