Η ομάδα των κουρσάρων γνωστή ως Blue Steel συνεχίζει την αποστολή της να παραδώσει σχέδια της τορπίλης Vibration Warhead, ενός όπλου που μπορεί να ανατρέψει την παλίρροια του πολέμου προς όφελός τους, στις Ηνωμένες Πολιτείες. Ωστόσο, μια νέα απειλή προκύπτει από τον εχθρό τους, τον συντριπτικό Στόλο της Ομίχλης με τη μορφή του «The Student Council», μιας ομάδας πολεμικών πλοίων που αποτελείται από τα εναπομείναντα Mental Models, τα ανθρωποειδή avatar των πλοίων, που δεν έχουν ακόμη αντιμετωπίσει τον απρόβλεπτο καπετάνιο του Blue Steel, Gunzou Chihaya. Καθώς το Blue Steel πλησιάζει στην κατανόηση της προέλευσης της αρχής που ελέγχει τον εχθρό, το παρελθόν της Iona αποκαλύπτει την αρχή του πολέμου και τον λόγο για τον οποίο τάχθηκε στο πλευρό της ανθρωπότητας.