Falling Skies eröffnet sich im chaotischen Nachspiel eines Alienangriffs, der die meiste Welt vollständig außer Gefecht gesetzt hat. In den sechs Monaten seit der ersten Invasion haben sich die wenigen Überlebenden außerhalb der Großstädte versammelt, um die schwierige Aufgabe der Gegenwehr zu beginnen. Jeder Tag ist ein Überlebenskampf, Bürger-Soldaten schützen die Menschen in ihrer Obhut, während sie gleichzeitig eine Aufstandsbewegung gegen die besetzende Alienkraft führen.