Im Jahr 1939 erschienen zum ersten Mal die menschenfeindlichen Neuroi auf der Erde. Weder ihre Herkunft noch ihre Motive sind bisher bekannt, doch zur Verteidigung und Bekämpfung richteten die Menschen sogenannte „Strike Unit“ ein. Unter ihnen befinden sich auch junge Frauen mit magischen Fähigkeiten; sie bilden die Elite-Einheit der „Strike Witches“ und setzten ihre Magie zum Kämpfen, aber auch zum Heilen von Verwundeten ein. Eine von ihnen ist Yoshika Miyafuji, die eine ganz besondere Motivation hat, für die Menschen zu kämpfen …