In Samurai Harem geht es um einen Jungen, welcher sein ganzes Leben zusammen mit seinem Vater auf einem einsamen Berg gelebt und von diesem die Schwertkunst erlernt hat. Da Yoichi nun aber seinen Vater schon lange übertroffen hat, schickt dieser ihn in ein befreundetes Dojo in der Stadt, welches von einem hübschen Mädchen geleitet wird. Das Zusammenleben mit diesem Mädchen und deren Schwestern bringt viele Probleme sowie lustige Szenen mit sich…