Clockwork Planet ist in einer Welt angesiedelt, in der die Erde zunächst zerstört und schließlich mit Uhrwerken umgeben wieder aufgebaut wurde. Nachdem eine mysteriöse schwarze Box in sein Haus gestürzt ist, ist bei Schulabbrecher Naoto Miura nichts mehr wie zuvor, denn in dieser Box findet er einen weiblichen Automaten. Mit dieser Begegnung nimmt das Schicksal seinen Lauf und die Verschmelzung von Realität und Fantasie beginnt …