Nach dem brutalen Mord am Grafen von Mailanddd wird Giovanni Auditore, ein Assassine, ausgesandt, um die Tat zu untersuchen. Seine Mission: Die Schuldigen finden und die Beweggründe klären. Die Antworten, die er findet, deuten an, dass die mächtigsten Familien Italiens beteiligt sind, bis hin zum Vatikan selbst. Als Giovanni der Wahrheit naher kommt, wird er selbst zum Gejagten. Er muss die Verschwörer bloßstellen, bevor auch er auf ihrer ständig wachsenden Opferliste endet. Dies ist der Vorlauf der Geschichte von Assassin's Creed 2.