Die Ouran-Akademie ist eine angesehene Privatschule in Japan, deren Schüler daher fast ausschließlich aus Familien der Oberschicht kommen. Von dieser Regel wird nur einmal pro Jahr eine Ausnahme gemacht: Die besten Teilnehmer einer ungemein schweren Aufnahmeprüfung erhalten ein Stipendium, allerdings unter der Voraussetzung, fortwährend der Beste der jeweiligen Klasse zu sein. Unter diesen Stipendiaten befindet sich die 15 Jahre alte Haruhi Fujioka. Haruhi stammt aus der Mittelschicht und interessiert sich, im Gegensatz zu ihrer Mittelschulzeit, viel mehr für Bildung und gute Noten als für irgendwelche Äußerlichkeiten; dank ihrer kurzen Haare, der schlabbrigen Kleidung und einer Brille, die einst ihrem Großvater gehörte, wird sie von den meisten sogar als Junge wahrgenommen. So ergeht es auch fast allen Mitgliedern des sogenannten Ouran-Host-Clubs, als sich Haruhi in deren Clubraum verirrt.