Dr. Temperance Brennan ist eine forensische Anthropologin und arbeitet am Jeffersonian Institut. Wegen ihrer unglaublichen Fähigkeit, Hinweise auf Opfer und Täter in den Überresten und Knochen der Leichen zu finden, wird sie von der Strafverfolgung engagiert. Zusammen mit dem ehemaligen Scharfschützen, Special Agent Seeley Booth, macht sie sich an die Arbeit um Verbrechen aufzuklären.
Brennan ist immer noch mit ihrer Tochter Christine und ihrem Vater Max auf der Flucht. Sie wird beschuldigt, ihren ehemaligen Kollegen Ethan Sawyer umgebracht zu haben.
In einer Hoteltiefgarage wird ein Mann durch eine Explosion getötet. Da sich Booth um das Budget seiner Abteilung kümmern muss, soll seine junge Kollegin Olivia Sparling das Jeffersonian bei dieser Ermittlung unterstützen.
Das Team des Jeffersonian untersucht den Tod von Jared Drew, einem arbeitslosen Tagelöhner, der seinen Unterhalt mit Gelegenheitsjobs auf einem Ausstellungsgelände verdient.
Zwei Müllmänner finden eine enthäutete Leiche im Abfall. Nach gründlicher Untersuchung der Überreste, ist Praktikant Fisher der felsenfesten Überzeugung, dass es sich bei dem Mörder um einen Nachahmer des Serienkillers Jack the Ripper handelt.
Brennan ruft all ihre Praktikanten in einem Raum des Institutes zusammen, in dem die Knochenteile von Menschen aufbewahrt werden, die nie identifiziert werden konnten.
Während eines heftigen Sturms kentert ein Müllfrachter. Der gesamte Dreck treibt an Land, darunter auch ein riesiger Plastikbeutel mit menschlichen Überresten.
Als der Street Art Künstler Zed ein großes Werbeplakat mit einem seiner Kunstwerke überkleben will, stürzt er so unglücklich, dass er mit dem Rücken erst mit dem Leim und dann mit einer Leiche in Kontakt kommt, die daraufhin an seinem Rücken festklebt.
Brennan und Booth untersuchen den Tod eines Teenagers, dessen Überreste in einem Gewächshaus entdeckt worden sind. Brennans Team findet heraus, dass es sich bei dem Opfer um Colin Gibson handelt, der vor zwei Jahren spurlos verschwunden ist.
Ins Jeffersonian wird eine mit Kristallen übersäte Leiche eingeliefert. Die Kristalle bringen die Tote zum Funkeln, machen aber auch die Suche nach der Todesursache fast unmöglich. Bei dem Opfer handelt es sich um die deutsche Tänzerin Katarina Whirz!
Angela und Hodgins entdecken eines Morgens entsetzt, dass jemand eine Leiche über ihrem Bett und blutige Blüten im Bett ihres kleinen Sohnes positioniert hat. Hodgins ist überzeugt, dass Pelant zurück ist und sich an ihm rächen will.
Booth und Brennan untersuchen den Tod von zwei Frauen, die in derselben Grabstätte entdeckt wurden. Das eine Opfer wird als Monica Craig identifiziert, die offenbar an Lungenkrebs verstarb.
Bei der Untersuchung einer Leiche, die in einem ehemaligen Schlachthaus gefunden wurde, entdecken Brennan und ihr Team eine große Zahl unterschiedlich alter Verletzungen.
Nach einem Streit mit Booth kehrt Brennan nachts ins Jeffersonian zurück, um die Leiche eines Mannes zu untersuchen, der angeblich Selbstmord begangen hat. Bei ihren Untersuchungen findet sie allerdings Hinweise darauf, dass das Opfer ermordet wurde.
Das Team ermittelt im Mordfall Manny Manicone, dessen Leiche in einem Koffer gefunden wurde. Doch der Fall erweist sich zunächst als schwierig, weil der Teenager offenbar weder Feinde, noch viele Freunde hatte.
Bei der Untersuchung des Todes von Benjy Garcia wird Brennan von ihrem neuen Assistenten, Dr. Oliver Wells, gefordert, der ihr vorwirft, engstirnig zu sein.
Brennans Team untersucht eine Leiche, die in einer Giftmülltonne entdeckt wurde. Nachdem es gelungen ist, die Überreste von den Chemikalien zu lösen, wird das Opfer als Symchay Conteh identifiziert.
Brennan und Booth werden zu einer verkohlten Leiche gerufen, die in einem Bunker entdeckt wurde. Bei dem Opfer handelt es sich um Deanna Barbearry, die bei den Marines war!
Brennans Team findet im Magen einer dehydrierten Leiche ein Päckchen mit gestohlenen Diamanten. Cam gelingt es das Gesicht des Opfers so wiederherzustellen, dass es als Quinton Coles identifiziert werden kann.
Booth und Brennan untersuchen den Mord an der TV-Produzentin Rebecca Pearce, deren Leiche in einem alten Fabrikgebäude entdeckt wurde. Während das Team im Jeffersonian nach der genauen Todesursache sucht, befragen Booth und Bones die Kollegen der Toten.
Booth muss nicht nur den Mord an dem Börsenmakler Jack Spindler aufklären, sondern darüber hinaus verdauen, dass seine Mutter nach 24 Jahren Abwesenheit plötzlich wieder in sein Leben tritt.
Als eine Leiche ins Jeffersonian eingeliefert wird, die offenbar mit Giftstoffen in Kontakt gekommen ist, schaltet sich Dr. Ivan Jacobs von der Seuchenschutzbehörde CDC in die Untersuchung ein.
Das Team untersucht die Morde an zwei FBI-Agenten, die auch schon mit Booth zusammengearbeitet haben. Kurz nach dem Fund des zweiten Opfers stellt sich heraus, dass der Psychopath Pelant zurück ist...
