Dr. Temperance Brennan ist eine forensische Anthropologin und arbeitet am Jeffersonian Institut. Wegen ihrer unglaublichen Fähigkeit, Hinweise auf Opfer und Täter in den Überresten und Knochen der Leichen zu finden, wird sie von der Strafverfolgung engagiert. Zusammen mit dem ehemaligen Scharfschützen, Special Agent Seeley Booth, macht sie sich an die Arbeit um Verbrechen aufzuklären.
Sieben Monate nachdem Bones nach Indonesien und Booth nach Afghanistan aufgebrochen sind, bittet Caroline sie, nach Washington zurückzukehren, um Cam zu helfen.
Am Strand wird eine schon stark verweste Leiche gefunden. Das Opfer wird als Richie Genaro identifiziert, ein 23-jähriger Playboy, der für seine wilden Partys berüchtigt war.
In einem Müllcontainer werden der Schädel und die Hände einer Leiche gefunden. Im Jeffersonian gelingt es, den Toten als Ray Raminsky zu identifizieren, der als Kopfgeldjäger gearbeitet hat.
Auf einer Baustelle wird ein Skelett im Beton entdeckt. Aber Angela und Hodgins können dank neuester technischer Möglichkeiten das Skelett rekonstruieren.
Schokoladenproduzent Jimmy Walpert präsentiert als Werbegag eine riesige Schokoladentafel, in der dann aber zum Entsetzen aller Anwesenden eine Leiche entdeckt wird.
Booth und Brennan werden zu einer Leiche gerufen, die in einem ausgebrannten Truck gefunden wurde. Doch die Untersuchung können nicht klären, woran das Opfer gestorben ist.
In einem Maisfeld wird die Leiche eines etwa 40-jährigen Mannes entdeckt. Er wurde erschossen, doch da keine Kugel zu finden ist, wurde er offenbar woanders getötet und hier nur abgelegt.
Auf dem Dach eines Lagerhauses wird eine Leiche entdeckt. Zuerst wirkt das Szenario wie ein verunglückter Stunt, aber bei der genauen Analyse der Überreste wird etwas anderes klar...
Am Valentinstag werden die Überreste der Hochzeitsplanerin Wendy Bovitz auf ihrer Sonnenbank entdeckt. Da Cam ein Date mit ihrem Freund geplant hat, will sie den Fall möglichst rasch klären.
Der Scharfschütze Jake Broadsky, der den Totengräber getötet hat, sich der Verhaftung durch seinen früheren Schützling Booth aber entziehen konnte, schlägt erneut zu.
Ein Schneesturm tobt über Washington und sorgt in der ganzen Stadt für Probleme mit der Stromversorgung. Die Stromausfälle erschweren auch die aktuelle Mordermittlung des Jeffersonian-Teams.
Als an der amerikanisch-kanadischen Grenze mehrere abgetrennte Füße entdeckt werden, werden nicht nur Brennan und Booth, sondern auch der Podologe Dr. Filmore mit dem Fall betraut.
TV-Moderator Lee Coleman, der in seiner Show versucht, moderne Mythen zu widerlegen, wird in einem Wald tot aufgefunden. Doch am Fundort ist kein Blut und dem Opfer das Herz fehlt.
Brennan und Booth werden zu den Überresten eines Mannes gerufen, der in den Everglade-Sümpfen in Florida gefunden wurde. Der Tote ist Sam Nozik, der als Museumswächter gearbeitet hat.
Brennan wird zu einem ungewöhnlichen Fall hinzugezogen: Ein Polizist hat ein gehörloses junges Mädchen aufgefunden, das voller Blut war und ihn mit einem Messer bedrohte, als er sich näherte.
Booth ist noch immer auf der Suche nach dem Scharfschützen Jacob Broadsky, der schon mehrere Menschen erschossen hat, die seiner Meinung nach den Tod verdient hatten.