Dr. Temperance Brennan ist eine forensische Anthropologin und arbeitet am Jeffersonian Institut. Wegen ihrer unglaublichen Fähigkeit, Hinweise auf Opfer und Täter in den Überresten und Knochen der Leichen zu finden, wird sie von der Strafverfolgung engagiert. Zusammen mit dem ehemaligen Scharfschützen, Special Agent Seeley Booth, macht sie sich an die Arbeit um Verbrechen aufzuklären.
Bones befindet sich in der Gewalt von ihrem ehemaligen Mitarbeiter Zack Addy, der jahrelang in einer psychiatrischen Einrichtung einsaß, da er den Mord an einem Lobbyisten gestanden hatte. Schnell stellt sich heraus, dass Dr. Addy keine bösen Absichten hat, sondern lediglich Bones Hilfe benötigt, um seine Unschuld zu beweisen. Treibt der verurteilte Mörder ein falsches Spiel, oder ist er wirklich nicht der Serienkiller, nach dem geahndet wird?
Bones’ Team muss das Rätsel des Mordes an dem Computer-Genie Goldberg lösen. Der Wissenschaftler arbeitete an einer künstlichen Intelligenz, die autistische Kinder in ihrem Alltag unterstützen sollte.
In einem Säurefass werden die Überreste eines Seniorenheim-Bewohners gefunden. Schnell kommt den Ermittlern der Verdacht, dass der Rentner möglicherweise einem Eifersuchtsdrama zum Opfer gefallen ist. Um der Sache auf den Grund zu kommen, soll Kriegsveteran Red im Heim Augen und Ohren offen halten. Währenddessen überlegen Angela und Hodgins, ein zweites Kind zu bekommen, was schnell auch bei Arastoo und Cam zu Diskussionen führt.
Das Team untersucht den Mord an einer Person aus Booths und Brennens Vergangenheit. Aubrey steckt in einem moralischen Dilemma als er entdeckt, dass sein Vater wieder mitmischt.
Als ein Tutor privilegierter Studenten tot aufgefunden wird, geht das Team alle möglichen Verdächtigen durch, von aufgebrachten Eltern bis zum Mitbewohner mit einer Strafakte. Währenddessen ist Bones mit der Stimme ihres Hörbuchs sehr unzufrieden und versucht zu beweisen, dass sie es selbst besser kann.
Der zerstückelte Körper der erfolgreichen früheren Golferin und jetzigen Holzfällerin Phyllis Paul stört die Lumber Sports Regional Championships. Booth und Brennan Endecken bei diesem Wettbewerb zahlreiche Geheimnisse uf, die zu ihrem Tod geführt haben könnten, einschließlich einer Affaire mit einem verheirateten Rivalen. Währenddessen analysiert Hodgins die Bakterien auf einem Knochen Einers früheren Opfers, von denen er denkt dass sie Zack entlasten werden.
Als eine Reihe von Leichen mit Verbindungen zu Booths früherer Army-Einheit um D.C. herum auftauchen, muss Booth sich seiner Vergangenheit stellen um den Killer zu finden bevor er Booth findet. Zwischenzeitlich verheimlich Brennans Vater Max eine ernste medizinische Behandlung, was sie am Vertrauen ihres Vaters zweifeln und sich mit seiner Sterblichkeit auseinandersetzen lässt.
Ein kürzlicher Verlust lässt eine Kluft zwischen Booth und Brennan entstehen, als jeder mit seiner Trauer unterschiedlich umgeht. Zudem kommt noch eine alte Flamme aus Brennans Vergangenheit in die Stadt.
Das Team des Jeffersonian untersucht einen Strohballen, in dem sich eine zerschredderte Leiche befindet. Man findet heraus, dass es sich bei der Leiche um einen gewissen Dustin Doyle handelt, der an mehreren Banküberfällen beteiligt war. Die Spur führt in die Demolition Derby-Szene. Derweil ist Dr. Wyatt auf Bitte von Booth ins Jeffersonian zurückgeholt worden, um nach Beweisen zu suchen, die Zack entlasten könnten.
Mitten auf einer Landstraße fällt eine Leiche von einer Brücke direkt in die Windschutzscheibe eines Cabriofahrers. Wie sich herausstellt, handelt es sich hierbei um den Businessmann Ron Bergmann, der im Matratzengeschäft tätig war, jedoch kurz vor seinem Tod ins Filmgeschäft gewechselt ist. Booth überrascht Aubrey und übergibt ihm die Leitung des Falles – und dieser kann auch schnell einen Verdächtigen präsentieren …
Cam und Arastoos Hochzeit steht an. Nach den ausgelassenen Feierlichkeiten muss das Jeffersonian-Team dem Prozess von Zack beiwohnen, indem entschieden wird, ob seine lebenslange Freiheitsstrafe aufgehoben wird. Doch dann steht ein neuer Mordfall an, den anscheinend der flüchtige Kovac, Mörder von Bones Vater, begangen hat. Das ganze Jeffersonian-Team befindet sich nun in höchster Gefahr – denn Kovac sinnt auf blutige Rache.
Nachdem das Jeffersonian einem Bombenanschlag zum Opfer gefallen ist, beginnen die Mitarbeiter des Labors mit den Aufräumarbeiten und der Tätersuche. Alles deutet darauf hin, dass Kovac einen Komplizen hatte, der die Bombe im Jeffersonian versteckt hat. Brennan leidet derweil noch immer an einer partiellen Amnesie. Kurz vor der Explosion hatte sie einen entscheidenden Hinweis notiert, doch leider kann sie sich nicht mehr an diesen erinnern …
