Attack on Titan: Junior High steckt die Geschichte des Originals statt in ein düsteres Fantasy-Setting, in eine heitere Schulkomödie. Die Geschehnisse spiegeln die Ereignisse der ersten Staffel von Attack on Titan bis zur 13. Folge in einem verzerrten Licht wieder. Eren und seine Freunde versuchen, ihren Alltag an ihrer neuen Schule zu genießen, wären da nicht die gemeinen Titanen, die es auf ihre leckeren Bentos abgesehen haben.