Pokémon Origins erzählt die Geschichte der ersten beiden Pokémon Videospiele Pokémon Rote Edition und Pokémon Blaue Edition. Darin verfolgt unser Held Rot nur ein Ziel: Er will seinen Pokédex vervollständigen. Seine Reise beginnt im Labor von Prof. Eich und im weiteren Verlauf seines Abenteuers stellt er sich dem niederträchtigen Team Rocket zum Kampf, bekämpft seinen Rivalen Blau und fordert die Pokémon Liga heraus!