In naher Zukunft hat ein unerklärlicher Anstieg des Meeresspiegels weite Teile der menschlichen Zivilisation unter Wasser gesetzt. Ikaruga Natsuki kehrt desillusioniert aus der Großstadt zurück und findet sein altes Landhaus halb vom Meer verschlungen vor. Ohne Familie bleiben ihm nur das Schiff und U-Boot seiner Ozeanologin-Großmutter sowie ihre Schulden. Seine einzige Hoffnung liegt in einem Angebot der verdächtigen Schuldeneintreiberin Catherine. Gemeinsam begeben sie sich auf die Suche nach einem vermeintlichen Schatz in den Ruinen des Labors seiner Großmutter. Statt Reichtümern finden sie jedoch ein seltsames Mädchen, das in einem Sarg auf dem Meeresgrund schläft: Atri. Obwohl sie ein Roboter ist, wirkt sie mit ihrem menschlichen Aussehen und ihren Emotionen täuschend echt. Aus Dankbarkeit für ihre Befreiung, gibt sie Natsuki ein Versprechen …