Zwanzig Jahre zuvor.... Auf seinem Weg Richtung Erde zerstört ein riesiger Asteroid den Pluto. Um der nahenden Zerstörung durch den Asteroiden - der den Namen Thanatos trägt - zu entgehen, arbeitet die Internationale Solarsystem Entwicklungsagentur (ISDA) an dem "D-Projekt". Sie erschaffen Drachen, mit Hilfe der DNA eines Dracheneis, welches tief unten im Ozean gefunden wurde. Nachdem drachenähnliche Wesen auf der Erde erscheinen, bemerken sie, dass der Asteroid nicht die einzige Bedrohung für die Menschheit darstellt. Während der achtzehn jährige Jin Kamishina einen Mord durch diese beobachtet, wird er in die Geheimnisse der "Drachen" eingeweiht . Er wird zum Drachenpiloten ernannt, die man auch "Dragonaut" nennt. Bei einem Angriff der Wesen, wird Jin von einem mysteriösen Mädchen namens Toa gerettet. Beide begeben sich auf eine Reise, auf der sich ihre Beziehung entwickelt, sie Freundschaften knüpfen, aber auch auf neue Feinde treffen.