James Cole ist ein Gefangener der Zukunft, der in die Vergangenheit reist, um den Ursprung eines Virus zu erforschen, das die Menschheit verwüstet hat. Auf seiner Suche trifft er eine Psychiaterin, Kathryn Railly, und einen Verrückten, Jeffrey Goines, die etwas mit dem mysteriösen “Armee der Zwölf Affen” zu tun haben könnten, dem angeblichen Verantwortlichen für die Pandemie. Cole muss sich den Gefahren einer unbekannten Welt und den Rätseln seines eigenen Geistes stellen, während er versucht, die Zukunft zu retten, bevor es zu spät ist.