Im Jahr 1999 hat die menschliche Gesellschaft Kriege und Krankheiten hinter sich gelassen. Auch die Bedrohung durch urweltliche Monster wie Godzilla und Rodan besteht nicht mehr. Die Ungeheuer wurden auf der Insel Ogasawara in einer Art Reservat untergebracht und stehen unter ständiger Beobachtung durch führende japanische Wissenschaftler. Doch die Erde steht plötzlich einer großen Katastrophe gegenüber, als sich Außerirdische vom Planeten Kilaak der Monster bemächtigen und sie die Hauptstädte der Erde angreifen lassen. Godzilla in New York! Rodan über Moskau! Mothra in Peking! Wie soll man die Ungeheuer wieder unter Kontrolle bringen und die Macht der Kilaaks besiegen?